Die Bürgerstiftung Bovenden wird vom Vorstand geführt. Der Vorstand der Stiftung besteht aus drei Mitgliedern sowie dem Bürgermeister des Flecken Bovenden mit beratender Stimme.
- Andreas A. Hoffmann – Vorstand; Finanzen
- Maike Erb-Brinkmann – Vorstand; Lesepatinnen und Lesepaten, Social Media und Homepage
- Gisela Schmidt – Vorstandsvorsitzende; Öffentlichkeitsarbeit
- Thomas Brandes – Bürgermeister
- Sabine Warkentin – Stiftungsratsvorsitzende
Der Stiftungsrat, der über die Einhaltung der Stiftungszwecke wacht, besteht aus fünf bis zwölf Mitgliedern, die möglichst aus allen Ortsteilen des Flecken Bovenden kommen. Vorstand und Stiftungsrat sind ehrenamtlich tätig.